ظاهرا سلطان محمّد بهادر،نخستین کسی بود که قم را پایتخت قرار داد.آنچه مسلّم است سلطان محمّد بهادر-با روح سرکش و استقلال طلبیای که داشت-از نخستین روزی که به قم آمد،در فکر به دست آوردن بهانه برای اعلان استقلال، و به وجود آوردن حکومتی خودمختار و جدا از تشکیلات سلطنتی جد خود،شاهرخ بود.به همین جهت،به دستاویزهایی نقاط مجاور حومۀ فرمانروایی خود را تصرف نمود و بعضی از امرایی را که شاهرخ در ولایات گماشته بود،به قتل رسانید و در قم،فرمانروایی مستقلی به وجود آورد