شهر قم در فتنه‌ی مغولان ویران گردید، به حدّی که شهر قم، قم درویش خوانده شد. غازان خان، مشهورترین ایلخان مغول، پیش از رسیدن به مقام ایلخانی، حاکم قم بود، در زمان او قم تا حدود زیادی بازسازی شد و یکی از شهرهای بزرگ ایران محسوب گشت. هنگامی که ارغون خان به سال (683 ه -. ق) بر اریکه ی سلطنت نشست، نخستین اقدام او این بود که پسر خود غازان خان را به حکومت خراسان و مازنداران و ری و قم گماشت. این در حالی بود
که غازان خان، هشت ساله بود. یک سال بعد، خان بزرگ مغول، قوبلای خان، پیامی توسط اوردوگایا فرستاد و او را «ایلخان ایران» کرد، گویا در یک سالی که غازان خان حاکم قم بود، این شهر تا حدود زیادی تجدید حیات نمود.
تیمور گورگانی در یورش های سه‌گانه ی خود به منطقه عراق عجم، به قتل‌عام مردم قم پرداخت. برخی مورّخان و سیاحان از غارت گری و قتل‌عام تیمور حکایت ها دارند. «تیمور چون مخالف شیعه بود و مذهب سنت و جماعت داشت قم را کاملاً ویران ساخت». اوژن فلاندن، فرانسوی می نویسد: «تیمور، جواهرات آستان مقدس قم را غارت کرد و آن را ربود». با این همه، نویسنده ی کتاب قم در قرن نهم هجری، معتقد است، قم در جریان یورش های تیمور نه تنها ویران نشده، بلکه تیمور قم را ندیده و از آن عبور نکرده است.
